AT5G49030.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : tRNA synthetase class I (I, L, M and V) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ovule abortion 2 (OVA2); FUNCTIONS IN: in 6 functions; INVOLVED IN: tRNA aminoacylation for protein translation, ovule development; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site (InterPro:IPR001412), Isoleucyl-tRNA synthetase (InterPro:IPR018353), Isoleucyl-tRNA synthetase, class Ia (InterPro:IPR002301), Aminoacyl-tRNA synthetase, class 1a, anticodon-binding (InterPro:IPR009080), Isoleucyl-tRNA synthetase, class Ia, N-terminal (InterPro:IPR015905), Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold (InterPro:IPR014729), DNA glycosylase/AP lyase/isoleucyl tRNA synthetase, zinc finger domain (InterPro:IPR010663), Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, class Ia, editing (InterPro:IPR009008), Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, class I, anticodon-binding (InterPro:IPR013155), Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia (InterPro:IPR002300); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: tRNA synthetase class I (I, L, M and V) family protein (TAIR:AT4G10320.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:19875091..19882291 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 123014.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1093 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MSSFFKSFAG NPREAAAMAM VQSSSYRVLS GKSCSNLRRN TPLDSFLAKG RSSVKAFSFL YVSRFSTEPN NEFGHSSKRR SRGPVMAAKK ASEGEKQEDG 0101: KYKQTVDLPK TGFGMRANSL TREPELQKLW EENQVFKRVS DNNNGGSFIL HDGPPYANGD LHMGHALNKI LKDIINRYKL LQNYKVQYVP GWDCHGLPIE 0201: LKVLQSLDQE VRKELTPLKL RAKAAKFAKA TVKTQMESFK RFGVWADWNN PYLTLDPEYE AAQIEVFGQM ALKGYIYRGR KPVHWSPSSR TALAEAELEY 0301: PEGHISKSIY AIFKLVGGAK TSLLDEFIPN IYLAVWTTTP WTMPANAAVA VNAKLQYSVV EVQSFSEDES TVTSNKKKIP GKVLKNQQKL FVIVATDLVP 0401: ALEAKWGVKL SISKTFLGSD LENCRYTHPI DNRDCPVVIG GDYITTESGT GLVHTAPGHG QEDYATGLKY GLPLVSPVDD EGKFTEEAGQ FRGLSVLGEG 0501: NTAVVSYLDE NMSLVMEESY AHKYPYDWRT KKPTIFRATE QWFASVEGFR TATMDAINNV KWVPHQAVNR ISAMTSSRSD WCISRQRTWG VPIPAFYHVK 0601: TKEPLMNEET INHVKSIISQ KGSDAWWYMS VEDLLPEKYR DKAADYEKGT DTMDVWFDSG SSWAGVLGKR EGLSFPADVY LEGTDQHRGW FQSSLLTSIA 0701: TQGKAPYSAV ITHGFVLDEK GMKMSKSLGN VVDPRLVIEG GKNSKDAPAY GADVMRLWVS SVDYTGDVLI GPQILRQMSD IYRKLRGTLR YLLGNLHDWR 0801: VDNAVPYQDL PIIDQHALFQ LENVVKNIQE CYENYQFFKI FQIIQRFTIV DLSNFYFDIA KDRLYTGGTS SFTRRSCQTV LSTHLLSILR VIAPIVPHLA 0901: EDVWQNLPFE YRNEDGSAAE FVFELKWPTL NEQWLSFPAE DVLFWQRLLE LRTEVNKVLE LARNEKMIGS SLEAKVYLHT ADAGMAAKLL EMSEAKNEAD 1001: TLQRIFITSQ VEVLSSMEKE MISSVQHTGE YVEGENKVWI GVSRAEGSKC ERCWNYSGQV GSFSDHPTLC GRCFSVIVAN PPEPAVAAVN SLA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)