AT5G47910.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : respiratory burst oxidase homologue D | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
NADPH/respiratory burst oxidase protein D (RbohD).Interacts with AtrbohF gene to fine tune the spatial control of ROI production and hypersensitive response to cell in and around infection site. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
respiratory burst oxidase homologue D (RBOHD); FUNCTIONS IN: NAD(P)H oxidase activity; INVOLVED IN: oxygen and reactive oxygen species metabolic process, defense response to fungus, response to heat, defense response, negative regulation of programmed cell death; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ferredoxin reductase-type FAD-binding domain (InterPro:IPR017927), Cytochrome b245, heavy chain (InterPro:IPR000778), EF-Hand 1, calcium-binding site (InterPro:IPR018247), EF-hand-like domain (InterPro:IPR011992), Ferric reductase-like transmembrane component, N-terminal (InterPro:IPR013130), NADPH oxidase Respiratory burst (InterPro:IPR013623), Ferric reductase, NAD binding (InterPro:IPR013121), EF-HAND 2 (InterPro:IPR018249), FAD-binding 8 (InterPro:IPR013112), Riboflavin synthase-like beta-barrel (InterPro:IPR017938); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: NADPH/respiratory burst oxidase protein D (TAIR:AT5G51060.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:19397585..19401768 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 103914.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 921 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKMRRGNSSN DHELGILRGA NSDTNSDTES IASDRGAFSG PLGRPKRASK KNARFADDLP KRSNSVAGGR GDDDEYVEIT LDIRDDSVAV HSVQQAAGGG 101: GHLEDPELAL LTKKTLESSL NNTTSLSFFR STSSRIKNAS RELRRVFSRR PSPAVRRFDR TSSAAIHALK GLKFIATKTA AWPAVDQRFD KLSADSNGLL 201: LSAKFWECLG MNKESKDFAD QLFRALARRN NVSGDAITKE QLRIFWEQIS DESFDAKLQV FFDMVDKDED GRVTEEEVAE IISLSASANK LSNIQKQAKE 301: YAALIMEELD PDNAGFIMIE NLEMLLLQAP NQSVRMGDSR ILSQMLSQKL RPAKESNPLV RWSEKIKYFI LDNWQRLWIM MLWLGICGGL FTYKFIQYKN 401: KAAYGVMGYC VCVAKGGAET LKFNMALILL PVCRNTITWL RNKTKLGTVV PFDDSLNFHK VIASGIVVGV LLHAGAHLTC DFPRLIAADE DTYEPMEKYF 501: GDQPTSYWWF VKGVEGWTGI VMVVLMAIAF TLATPWFRRN KLNLPNFLKK LTGFNAFWYT HHLFIIVYAL LIVHGIKLYL TKIWYQKTTW MYLAVPILLY 601: ASERLLRAFR SSIKPVKMIK VAVYPGNVLS LHMTKPQGFK YKSGQFMLVN CRAVSPFEWH PFSITSAPGD DYLSVHIRTL GDWTRKLRTV FSEVCKPPTA 701: GKSGLLRADG GDGNLPFPKV LIDGPYGAPA QDYKKYDVVL LVGLGIGATP MISILKDIIN NMKGPDRDSD IENNNSNNNS KGFKTRKAYF YWVTREQGSF 801: EWFKGIMDEI SELDEEGIIE LHNYCTSVYE EGDARVALIA MLQSLQHAKN GVDVVSGTRV KSHFAKPNWR QVYKKIAVQH PGKRIGVFYC GMPGMIKELK 901: NLALDFSRKT TTKFDFHKEN F |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)