AT5G47650.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:peroxisome 0.505 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : nudix hydrolase homolog 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes an ADP-ribose pyrophosphatase that confers enhanced tolerance to oxidative stress. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
nudix hydrolase homolog 2 (NUDT2); FUNCTIONS IN: hydrolase activity, ADP-ribose diphosphatase activity, NAD or NADH binding; INVOLVED IN: response to oxidative stress; LOCATED IN: cytosol; EXPRESSED IN: 17 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: NUDIX hydrolase domain-like (InterPro:IPR015797), Nudix hydrolase 6-like (InterPro:IPR003293), NUDIX hydrolase domain (InterPro:IPR000086); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: nudix hydrolase homolog 10 (TAIR:AT4G25434.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:19310391..19312084 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 31612.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 278 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSASSSSTNP MSREDATTLL PSVQDKYGGV MTEMTHPMDP SLFSTLLRSS LSTWTLQGKK GVWIKLPKQL IGLAETAVKE GFWFHHAEKD YLMLVYWIPK 101: EDDTLPANAS HRVGIGAFVI NHNKEVLVVQ EKTGRFQGQG IWKFPTGVVN EGEDIHDGSV REVKEETGVD TEFDQILAFR QTHKAFFGKS DLFFVCMLKP 201: LSLEINAQES EIEAAQWMPW EEYINQPFVQ NYELLRYMTD ICSAKTNGDY EGFTPLRVSA PDQQGNLYYN TRDLHSRN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)