AT5G47080.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : casein kinase II beta chain 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Regulatory subunit beta of casein kinase II. purified CKB1 resulted in up 100-fold stimulation of casein kinase activity compared with the CKA1 activity alone. Forms a tetrameric complex with CKA1 (CKA1(2)CKB1(2)). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
casein kinase II beta chain 1 (CKB1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Casein kinase II, regulatory subunit, alpha-helical (InterPro:IPR016149), Casein kinase II, regulatory subunit, beta-sheet (InterPro:IPR016150), Casein kinase II, regulatory subunit (InterPro:IPR000704); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: casein kinase II beta chain 2 (TAIR:AT4G17640.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:19124969..19126397 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 32356.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.94 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 287 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MYRDRGTVNS RPEVVDRKRI NDALERPSPS TSRQVNGKGK GTVTAATTTA NLIGKQQSNN INHRDSRSAS LSKNNTVSDD ESDTDSEESD VSGSDGEDTS 101: WISWFCNLRG NEFFCEVDDD YIQDDFNLCG LSSLVPYYEY ALDLILDVES SQGEMFTEEQ NELIESAAEM LYGLIHARYI LTSKGLAAML DKYKNYDFGR 201: CPRVYCCGQP CLPVGQSDLP RSSTVKIYCP KCEDIYYPRS KYQGNIDGAY FGTTFPHLFL MTYGHLKPAK ATQNYVQRVF GFKLHKP |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)