AT5G46540.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : P-glycoprotein 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
P-glycoprotein 7 (PGP7); FUNCTIONS IN: ATPase activity, coupled to transmembrane movement of substances; INVOLVED IN: transport, transmembrane transport; LOCATED IN: integral to membrane; EXPRESSED IN: 8 plant structures; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, C globular stage, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), ABC transporter-like (InterPro:IPR003439), ABC transporter, transmembrane domain, type 1 (InterPro:IPR011527), ABC transporter integral membrane type 1 (InterPro:IPR017940), ABC transporter, transmembrane domain (InterPro:IPR001140), ABC transporter, conserved site (InterPro:IPR017871); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: P-glycoprotein 9 (TAIR:AT4G18050.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:18877192..18882347 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 136120.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.58 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1248 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MAEKAKKKKN GGGGNQRIAF YKLFTFADRY DIVLMVIGTL SAMANGLTQP FMSILMGQLI NVFGFSDHDH VFKEVSKVAV KFLYLAAYAG VVSFLQVSCW 0101: MVTGERQSTR IRRLYLKTIL RQDIGFFDTE TNTGEVIGRM SGDTILIQDS MGEKVGKFTQ LVSSFVGGFT VAFIVGMKLT LALLPCVPLI VGTGGAMTYI 0201: MSKKAQRVQL AYTEAGNVVQ QAVGSIRTVV AFTGEKQSMG KYEKKLEIAY KSMVKQGLYS GLGIGIMMVV VYCTYGFAIW YGARQIIEKG YTGGQVMNVI 0301: TSILTGGMAL GQTLPSLNSF AAGTAAAYKM FETIKRKPKI DAYDMSGEVL EEIKGDIELR DVYFRYPARP DVQIFVGFSL TVPNGMTVAL VGQSGSGKST 0401: VISLIERFYD PESGEVLIDG IDLKKFQVKW IRSKIGLVSQ EPILFATTIR ENIVYGKKDA SDQEIRTALK LANASNFIDK LPQGLETMVG EHGTQLSGGQ 0501: KQRIAIARAI LKNPKILLLD EATSALDAES ERIVQDALVK LMLSRTTVVV AHRLTTIRTA DMIAVVQQGK VIEKGTHDEM IKDPEGTYSQ LVRLQEGSKK 0601: EEAIDKEPEK CEMSLEIESS DSQNGIHSGT LTSPSGLPGV ISLDQTEEFH ENISSTKTQT VKKGKEVSLR RLAHLNKPEI SVLLLGSLAA VIHGIVFPVQ 0701: GLLLSRTIRI FFEPSNKLKN DSLFWALIFV ALGLTDLIVI PLQNYLFAIA GAKLIKRIRS LSFDRVLHQD ISWFDDTKNS SGVIGARLST DASTVKSIVG 0801: DVLGLIMQNM ATIIGAFIIA FTANWLLALM ALLVAPVMFF QGYYQIKFIT GFGAKARGKY EEASQVASDA VSSIRTVASF CAEDKVMDLY QEKCDEPKQQ 0901: GFKLGLVSGL CYGGSYLALY VIESVCFLGG SWLIQNRRAT FGEFFQVFFA LTLTAVGVTQ TSTMAPDINK AKDSAASIFD ILDSKPKIDS SSEKGTILPI 1001: VHGDIELQHV SFRYPMRPDI QIFSDLCLTI SSGQTVALVG ESGSGKSTVI SLLERFYDPD SGKILLDQVE IQSLKLSWLR EQMGLVSQEP VLFNETIGSN 1101: IAYGKIGGAT EEEIITAAKA ANVHNFISSL PQGYETSVGE RGVQLSGGQK QRIAIARAIL KDPKILLLDE ATSALDAESE RVVQDALDQV MVNRTTVVVA 1201: HLLTTIKDAD MIAVVKNGVI AESGRHETLM EISGGAYASL VAFNMSAN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)