AT5G43060.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Granulin repeat cysteine protease family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Granulin repeat cysteine protease family protein; FUNCTIONS IN: cysteine-type peptidase activity, cysteine-type endopeptidase activity; INVOLVED IN: response to salt stress; LOCATED IN: vacuole; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase C1A, papain (InterPro:IPR013128), Proteinase inhibitor I29, cathepsin propeptide (InterPro:IPR013201), Granulin (InterPro:IPR000118), Peptidase C1A, papain C-terminal (InterPro:IPR000668), Peptidase, cysteine peptidase active site (InterPro:IPR000169); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Granulin repeat cysteine protease family protein (TAIR:AT1G47128.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:17269784..17272117 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 51206.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 463 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGFLKLSPMI LLLAMIGVSY AMDMSIISYD ENHHITTETS RSDSEVERIY EAWMVEHGKK KMNQNGLGAE KDQRFEIFKD NLRFIDEHNT KNLSYKLGLT 101: RFADLTNEEY RSMYLGAKPT KRVLKTSDRY QARVGDALPD SVDWRKEGAV ADVKDQGSCG SCWAFSTIGA VEGINKIVTG DLISLSEQEL VDCDTSYNQG 201: CNGGLMDYAF EFIIKNGGID TEADYPYKAA DGRCDQNRKN AKVVTIDSYE DVPENSEASL KKALAHQPIS VAIEAGGRAF QLYSSGVFDG LCGTELDHGV 301: VAVGYGTENG KDYWIVRNSW GNRWGESGYI KMARNIEAPT GKCGIAMEAS YPIKKGQNPP NPGPSPPSPI KPPTTCDKYF SCPESNTCCC LYKYGKYCFG 401: WGCCPLEAAT CCDDNSSCCP HEYPVCDVNR GTCLMSKNSP FSVKALKRTP AIPFWAKSRK HIA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)