AT5G40940.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.826 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : putative fasciclin-like arabinogalactan protein 20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
putative fasciclin-like arabinogalactan protein 20 (FLA20); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: FAS1 domain (InterPro:IPR000782); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:16406656..16407930 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 46603.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 424 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNKKPSKYFP SLNRTDYKNC NFLCNGFSLK PNEKKSSKNA SMASKLLTTF FLIFFVLDID LVATSMTSVS SAVEVLSDSG YLSMGLTLKL ANQDLNLEDW 101: QELTLFAPSD QSFSKFGQPS LLDMKYQLSP TRLPGETLRN LPNGAKIPTL RSNYSLTVTN SSRFGGKTSI NNVVVQDSPV FDDGYVVIYG SDEFFTSPTK 201: ISDDSSSSSS IPSTTSSTGS IPIPSSATQT PPSPNIASDS TRNLPNRSKP VNRFNIFESA SRLLMSRGFV IIATFLALQL EDNTSGNDTK ITVFAPIDEA 301: IPNPTTKFSD YVTIFRGHVV SQLLLWKDLQ KFAKEGSILQ TVLKGYEIEI SLSGDILLLN GVPLIYPDLY VNDWIAVHGF NQMIVTKEKQ VDVGDSITVL 401: NNGEQEEEGV HGEYSSELGD YGLH |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)