AT5G40380.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.830 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : cysteine-rich RLK (RECEPTOR-like protein kinase) 42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a cysteine-rich receptor-like protein kinase. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
cysteine-rich RLK (RECEPTOR-like protein kinase) 42 (CRK42); FUNCTIONS IN: kinase activity; INVOLVED IN: protein amino acid phosphorylation; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 11 plant structures; EXPRESSED DURING: 7 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein kinase, ATP binding site (InterPro:IPR017441), Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), Protein of unknown function DUF26 (InterPro:IPR002902), Serine/threonine-protein kinase-like domain (InterPro:IPR017442), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cysteine-rich RLK (RECEPTOR-like protein kinase) 3 (TAIR:AT1G70530.1); Has 35333 Blast hits to 34131 proteins in 2444 species: Archae - 798; Bacteria - 22429; Metazoa - 974; Fungi - 991; Plants - 531; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9610 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:16152121..16155038 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 72710.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 651 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRCLTKTRSF HYVIIFYSFF FLPFLSSSSD DQRTTVSGLF CGGRSKSSAD PNYIPTFVED MHSLSLKLTT RRFATESLNS TTSIYALIQC HDDLSPSDCQ 101: LCYAIARTRI PRCLPSSSAR IFLDGCFLRY ETYEFYDESV SDASDSFSCS NDTVLDPRFG FQVSETAARV AVRKGGFGVA GENGVHALAQ CWESLGKEDC 201: RVCLEKAVKE VKRCVSRREG RAMNTGCYLR YSDHKFYNGD GHHKFHVLFN KGVIVAIVLT TSAFVMLILL ATYVIMTKVS KTKQEKRNLG LVSRKFNNSK 301: TKFKYETLEK ATDYFSHKKM LGQGGNGTVF LGILPNGKNV AVKRLVFNTR DWVEEFFNEV NLISGIQHKN LVKLLGCSIE GPESLLVYEY VPNKSLDQFL 401: FDESQSKVLN WSQRLNIILG TAEGLAYLHG GSPVRIIHRD IKTSNVLLDD QLNPKIADFG LARCFGLDKT HLSTGIAGTL GYMAPEYVVR GQLTEKADVY 501: SFGVLVLEIA CGTRINAFVP ETGHLLQRVW NLYTLNRLVE ALDPCLKDEF LQVQGSEAEA CKVLRVGLLC TQASPSLRPS MEEVIRMLTE RDYPIPSPTS 601: PPFLRVSSLT TDLEGSSTIS HSTNSTTTFN TMVKTDQASY TSSESSTTRT I |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)