AT5G40160.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Ankyrin repeat family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes ankyrin repeat protein EMB506. Mutations in this locus result in embryo lethality. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
embryo defective 506 (EMB506); INVOLVED IN: embryo development ending in seed dormancy; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ankyrin repeat-containing domain (InterPro:IPR020683), Ankyrin repeat (InterPro:IPR002110); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ankyrin repeat protein (TAIR:AT5G66055.1); Has 90387 Blast hits to 29284 proteins in 1374 species: Archae - 134; Bacteria - 8440; Metazoa - 46466; Fungi - 7182; Plants - 3258; Viruses - 1346; Other Eukaryotes - 23561 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:16062726..16064301 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 35462.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 315 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVSSVLSIPP QTCLLPRLPI SDSVNCKSKI VYCLSTSVRG SSVKRQSTAR TRSFTETNRR TPSVQSKHEF WEDPDDGSDS ENEYEGEEED GIGNDLDNES 101: DWEDDSRVQK LTTTDNYEEE LAKEVEQLLE PEERVILQQN EKPNLKMIST KSWKPLQTLA LSMQIQLMDN LIENGLDIDD VDKDNQTALH KAIIGKKEAV 201: ISHLLRKGAN PHLQDRDGAA PIHYAVQVGA LQTVKLLFKY NVDVNVADNE GWTPLHIAVQ SRNRDITKIL LTNGADKTRR TKDGKLALDL ALCFGRDFKS 301: YDLVKLLKIM PTGDI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)