AT5G39930.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 0.485 cytosol 0.200 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : CLP1-similar protein 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with similarity to the CLP1 polyadenylation factor. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
CLP1-similar protein 5 (CLPS5); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pre-mRNA cleavage complex II Clp1 (InterPro:IPR010655); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: CLP-similar protein 3 (TAIR:AT3G04680.2); Has 693 Blast hits to 689 proteins in 274 species: Archae - 99; Bacteria - 14; Metazoa - 196; Fungi - 200; Plants - 63; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 121 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:15985249..15987240 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 47491.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.03 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 424 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MFGPQIRRVK LEKQSELRIE LQPTSPLRLR LLDGKAEIFG YELPHEVWIT FPPLMTFAVF TWYGATIEID GITGNEYISC ETPMVNYLGL HNSLQVQRHR 101: VTSSTRDSAS SQEGPRVIIV GDIDSGKSTL AKMLLNWAVK DGWKPTFVDL NVGQSSITIP GTIAAAPIKM LVDPVEGFPL DKALIHYFGL TNPSVNLRLY 201: RTLVEELARE LKEEFSANAE SRASGMVIDT MGFIVREGYA LLLHAIRTFN ASLVIVVGQE EKLVYDLKKN LKFKKNLQVL NLEKSEGVFS RSSDFRKTLR 301: NSNIQNYFYG VTNDLTVYTK TVKFSDVQVY RIGDFRVSGS TSAHQRGNDP LKITLVTIDE HLVNKVLAIS YAIKPDQIIS SIVAGFVCIK NVDISEERIT 401: YVSPSAAELP SKILILGTLT WHVT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)