AT5G39680.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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| FP Images |
Arabidopsis cell culture (mitochondrial marker)
Arabidopsis cell culture (plastidal marker)
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
EMBRYO DEFECTIVE 2744 (EMB2744); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pentatricopeptide repeat (InterPro:IPR002885); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein (TAIR:AT2G27610.1); Has 37711 Blast hits to 13427 proteins in 206 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 37; Fungi - 23; Plants - 37282; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 369 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:15884236..15886368 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 80848.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 710 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSALSVIEQR LLKWDKLASL VPKSKKTPFP IDRLNELLKV CANSSYLRIG ESIHAHLIVT NQSSRAEDAY QINSLINLYV KCRETVRARK LFDLMPERNV 101: VSWCAMMKGY QNSGFDFEVL KLFKSMFFSG ESRPNEFVAT VVFKSCSNSG RIEEGKQFHG CFLKYGLISH EFVRNTLVYM YSLCSGNGEA IRVLDDLPYC 201: DLSVFSSALS GYLECGAFKE GLDVLRKTAN EDFVWNNLTY LSSLRLFSNL RDLNLALQVH SRMVRFGFNA EVEACGALIN MYGKCGKVLY AQRVFDDTHA 301: QNIFLNTTIM DAYFQDKSFE EALNLFSKMD TKEVPPNEYT FAILLNSIAE LSLLKQGDLL HGLVLKSGYR NHVMVGNALV NMYAKSGSIE DARKAFSGMT 401: FRDIVTWNTM ISGCSHHGLG REALEAFDRM IFTGEIPNRI TFIGVLQACS HIGFVEQGLH YFNQLMKKFD VQPDIQHYTC IVGLLSKAGM FKDAEDFMRT 501: APIEWDVVAW RTLLNACYVR RNYRLGKKVA EYAIEKYPND SGVYVLLSNI HAKSREWEGV AKVRSLMNNR GVKKEPGVSW IGIRNQTHVF LAEDNQHPEI 601: TLIYAKVKEV MSKIKPLGYS PDVAGAFHDV DEEQREDNLS YHSEKLAVAY GLIKTPEKSP LYVTKNVRIC DDCHSAIKLI SKISKRYIVI RDSNRFHHFL 701: DGQCSCCDYW |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)