AT5G39610.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : NAC domain containing protein 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a NAC-domain transcription factor. Positively regulates aging-induced cell death and senescence in leaves. This gene is upregulated in response to salt stress in wildtype as well as NTHK1 transgenic lines although in the latter case the induction was drastically reduced. It was also upregulated by ABA, ACC and NAA treatment, although in the latter two cases, the induction occurred relatively late when compared with NaCl or ABA treatments. Note: this protein (AtNAC6) on occasion has also been referred to as AtNAC2, not to be confused with the AtNAC2 found at locus AT3G15510. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
NAC domain containing protein 6 (NAC6); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: No apical meristem (NAM) protein (InterPro:IPR003441); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: NAC domain containing protein 3 (TAIR:AT3G29035.1); Has 3041 Blast hits to 3034 proteins in 79 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 3041; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:15858591..15859650 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 32986.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.94 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 285 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDYEASRIVE MVEDEEHIDL PPGFRFHPTD EELITHYLKP KVFNTFFSAT AIGEVDLNKI EPWDLPWKAK MGEKEWYFFC VRDRKYPTGL RTNRATEAGY 101: WKATGKDKEI FKGKSLVGMK KTLVFYKGRA PKGVKTNWVM HEYRLEGKYC IENLPQTAKN EWVICRVFQK RADGTKVPMS MLDPHINRME PAGLPSLMDC 201: SQRDSFTGSS SHVTCFSDQE TEDKRLVHES KDGFGSLFYS DPLFLQDNYS LMKLLLDGQE TQFSGKPFDG RDSSGTEELD CVWNF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)