AT5G37910.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.902 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Protein with RING/U-box and TRAF-like domains | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Protein with RING/U-box and TRAF-like domains; FUNCTIONS IN: ubiquitin-protein ligase activity, zinc ion binding; INVOLVED IN: multicellular organismal development, ubiquitin-dependent protein catabolic process, protein ubiquitination; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: synergid; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: TRAF-like (InterPro:IPR008974), Seven-in-absentia protein, TRAF-like domain (InterPro:IPR018121), Zinc finger, SIAH-type (InterPro:IPR013010), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Seven In Absentia Homolog-type (InterPro:IPR013323), Seven-in-absentia protein, sina (InterPro:IPR004162); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Protein with RING/U-box and TRAF-like domains (TAIR:AT5G37890.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:15096210..15097318 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 30853.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.03 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 276 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVLASISEAL ISQGDGGERV AKRQRSAIVL LDLDILDCPI CCEALTSPIF QCDNGHLACG SCCPKLSNKC PACTLPVGHS RSRAMESVLE SILIPCPNVR 101: FGCTKSFFYG KESAHEKECI FSQCSCPSSV CDYTGSYKDL YAHYKLTHST NIFWNIKRFR CANFFTTSML ISDKILIKRV HEKKLLLAVQ CFREPCGVYV 201: TVSFIAPSAP EVGEFSYQLS YNVDGHTVTY ESPEVKRVCK VSIETPQENF MLIPHSLLRG DLLEMQVFII ENVDQE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)