AT5G37055.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : HIT-type Zinc finger family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes SERRATED LEAVES AND EARLY FLOWERING (SEF), an Arabidopsis homolog of the yeast SWC6 protein, a conserved subunit of the SWR1/SRCAP complex. SEF loss-of-function mutants have a pleiotropic phenotype characterized by serrated leaves, frequent absence of inflorescence internodes, bushy aspect, and flowers with altered number and size of organs. sef plants flower earlier than wild-type plants both under inductive and non-inductive photoperiods. SEF, ARP6 and PIE1 might form a molecular complex in Arabidopsis related to the SWR1/SRCAP complex identified in other eukaryotes. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
SERRATED LEAVES AND EARLY FLOWERING (SEF); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, HIT-type (InterPro:IPR007529); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:14641634..14642387 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 19137.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.65 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 171 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEEEMSNRRV SNRTRKVATK MAAALTSNDN RTQAAIARLE ALENDNGAIE VIDLNDDEEA SLDEDDDLGY LQKKQHKGSK RKTRQAKALE ARKAPKSFLE 101: LLQEANLESL PSHVPTYLKA AVGPPSSSSR RYFCSVCGYI AGYNCCLCGM RFCSIRCQNI HKDTRCQKFV A |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)