AT5G35735.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Auxin-responsive family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Auxin-responsive family protein; LOCATED IN: plasma membrane, membrane; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cytochrome b561, eukaryote (InterPro:IPR004877), Uncharacterised conserved protein UCP037471 (InterPro:IPR017214), Protein of unknown function DUF568, DOMON-like (InterPro:IPR007613), DOMON related (InterPro:IPR005018), Cytochrome b561/ferric reductase transmembrane (InterPro:IPR006593); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Auxin-responsive family protein (TAIR:AT5G47530.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:13900913..13902934 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 43870.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.86 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 404 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDRTQSPKTA LFAVLATLLV LTVNGQSLCN THRFTNNLAF ADCSDLSALG SFLHWTYNEQ NGTVSIAYRH PGTSASSWVA WGLNPSSTQM VGTQALVAFT 101: NTTTNQFQAY TSSVSSYGTR LERSSLSFGV SGLSATLVSG EVTIFATLEL SPNLITANQL WQVGPVVNGV PASHQTSGDN MRSSGRIDFR TGQASAGGGG 201: SGDRLRKRNT HGVLNAVSWG VLMPMGAMMA RYMKVFADPT WFYLHIAFQV SGYVIGVAGW ATGIKLGNDS PGTSYSTHRN LGIALFTFAT LQVFALLVRP 301: KPDHKYRTYW NVYHHTVGYT TIILSIVNIF KGFDILDPED KWRWAYIGIL IFLGACVLIL EPLTWFIVLR RKSRGGNTVA APTSSKYSNG VNGTTTTGPH 401: HQDA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)