AT5G35590.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.500 nucleus 0.500 ASURE: cytosol,nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : proteasome alpha subunit A1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes 20S proteasome subunit PAA1 (PAA1). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
proteasome alpha subunit A1 (PAA1); FUNCTIONS IN: peptidase activity, endopeptidase activity, threonine-type endopeptidase activity; INVOLVED IN: response to zinc ion, ubiquitin-dependent protein catabolic process; LOCATED IN: proteasome core complex, proteasome complex, plasma membrane; EXPRESSED IN: cotyledon, fruit, guard cell, cultured cell; EXPRESSED DURING: seedling growth, seed development stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Proteasome, alpha-subunit, conserved site (InterPro:IPR000426), Proteasome, subunit alpha/beta (InterPro:IPR001353); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 20S proteasome subunit PAA2 (TAIR:AT2G05840.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:13765417..13767768 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 27295.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.66 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 246 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSRGSGAGYD RHITIFSPEG RLFQVEYAFK AVKTAGITSI GVRGKDSVCV VTQKKVPDKL LDQSSVTHLF PITKYIGLVA TGITADARSL VQQARNQAAE 101: FRFTYGYEMP VDILAKWIAD KSQVYTQHAY MRPLGVVAMV MGVDEENGPL LYKCDPAGHF YGHKATSAGM KEQEAVNFLE KKMKENPSFT FDETVQTAIS 201: ALQSVLQEDF KATEIEVGVV RAENPEFRAL TTEEIEEHLT AISERD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)