AT5G35100.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Cyclophilin-like peptidyl-prolyl cis-trans isomerase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Cyclophilin-like peptidyl-prolyl cis-trans isomerase family protein; FUNCTIONS IN: peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity; INVOLVED IN: protein folding, peptidyl-cysteine S-nitrosylation; LOCATED IN: thylakoid lumen, chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cyclophilin-like (InterPro:IPR015891), Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, cyclophilin-type (InterPro:IPR002130); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Cyclophilin-like peptidyl-prolyl cis-trans isomerase family protein (TAIR:AT4G34960.1); Has 4654 Blast hits to 4654 proteins in 798 species: Archae - 9; Bacteria - 741; Metazoa - 1669; Fungi - 839; Plants - 784; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 612 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:13360459..13361377 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 30506.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 281 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASSSILIPP ILTRRNLLLS TTIATVTPPP PAKPPSPDIT ITDRVFLDFS LCPTYFRSDP SATLSSTTPC SDSTPLGRVV LGLYGRHVPI TVSTFKRMCT 101: SSSTSYKNTP VHKIFPGQYF LAGRQGGGRR DTAEVGYSLR DLPRNTDVVN SKAFLLPHAR AGVVSLCLSE NDDDDDIRLD PDYRNVEFLI TTGPGPSPQL 201: DGGNIVFGTV LEGLDVVTSI SSIPTYKPSE NIKQFNDFAE FLGDERAQNA RSLWNRPLKT VFISGCGELK VTNPSLSPTL P |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)