AT5G27740.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ATPase family associated with various cellular activities (AAA) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
A locus involved in embryogenesis. Mutations in this locus result in embryo lethality. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
EMBRYO DEFECTIVE 2775 (EMB2775); FUNCTIONS IN: nucleoside-triphosphatase activity, DNA binding, nucleotide binding, ATP binding; INVOLVED IN: embryo development ending in seed dormancy; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), ATPase, AAA-type, core (InterPro:IPR003959), DNA polymerase III, clamp-loader complex, subunit E, C-terminal (InterPro:IPR019483), DNA polymerase III, clamp loader complex, gamma/delta/delta subunit, C-terminal (InterPro:IPR008921); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ATPase family associated with various cellular activities (AAA) (TAIR:AT1G21690.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:9823831..9826869 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 40602.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 354 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLWVDKYRPK SLDKVIVHED IAQKLKKLVS EQDCPHLLFY GPSGSGKKTL IMALLKQIYG ASAEKVKVEN RAWKVDAGSR TIDLELTTLS STNHVELTPS 101: DAGFQDRYIV QEIIKEMAKN RPIDTKGKKG YKVLVLNEVD KLSREAQHSL RRTMEKYSSS CRLILCCNSS SKVTEAIKSR CLNVRINAPS QEEIVKVLEF 201: VAKKESLQLP QGFAARIAEK SNRSLRRAIL SLETCRVQNY PFTGNQVISP MDWEEYVAEI ATDMMKEQSP KKLFQVRGKV YELLVNCIPP EVILKRLLHE 301: LLKKLDSELK LEVCHWAAYY EHRMRLGQKA IFHIEAFVAK FMSIYKNFLI STFG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)