AT5G27620.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.950 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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| FP Images |
7-day old Arabidopsis seedling (no marker)
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : cyclin H;1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
core cell cycle genes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
cyclin H;1 (CYCH;1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cyclin H (InterPro:IPR015432), Cyclin-like (InterPro:IPR011028), Transcription regulator cyclin (InterPro:IPR015429), Cyclin-related (InterPro:IPR013763), Cyclin, N-terminal (InterPro:IPR006671), Cyclin (InterPro:IPR006670); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Cyclin family protein (TAIR:AT5G48640.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:9771762..9774684 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38132.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.88 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 336 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MADFQTSTQR AKWIFTPQKL AERYKAANQR AVQMLEKCGT TQVEVDASGS LTYPKDKVGS GDQADKKLKP LSADEERFMR AFYEAKVQEV CSAFAFPHKI 101: QATALQYFKR FYLQWSVMQH HPKEIMLTCV YAACKIEENH VSAEEIGKGI NQDHRIILKY EMAVLQSLEF DLIVYAPYRA IEGFVNNMEE FLQARDDEIQ 201: KLESLLKGAT AEADKVMLTD APLLFPPGQL ALASLRIANG VLGVIDFDRY LENIVSQPNS EHTTSELTKL LDNIEYLVKN YKCPSEKDMK HINRKLKSCL 301: GHSSSHDESK KREKRSKHKS HRSSNDTPNG APPPIG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)