AT5G27350.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 0.964 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Major facilitator superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a sugar-porter family protein that is induced during leaf senescence. The increase in its gene expression during leaf senescence is paralleled by an accumulation of monosaccharides. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
SFP1; FUNCTIONS IN: carbohydrate transmembrane transporter activity, sugar:hydrogen symporter activity; INVOLVED IN: response to nematode; LOCATED IN: integral to membrane, membrane; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 10 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Sugar transporter, conserved site (InterPro:IPR005829), Major facilitator superfamily (InterPro:IPR020846), General substrate transporter (InterPro:IPR005828), Sugar/inositol transporter (InterPro:IPR003663), Major facilitator superfamily, general substrate transporter (InterPro:IPR016196); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Major facilitator superfamily protein (TAIR:AT5G27360.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:9648958..9654176 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 51789.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.61 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 474 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVMEEGRSIE EGLLQLKNKN DDSECRITAC VILSTFVAVC GSFSFGVATG YTSGAETGVM KDLDLSIAQF SAFGSFATLG AAIGALFCGN LAMVIGRRGT 101: MWVSDFLCIT GWLSIAFAKE VVLLNFGRII SGIGFGLTSY VVPVYIAEIT PKHVRGTFTF SNQLLQNAGL AMIYFCGNFI TWRTLALLGA LPCFIQVIGL 201: FFVPESPRWL AKVGSDKELE NSLFRLRGRD ADISREASEI QVMTKMVEND SKSSFSDLFQ RKYRYTLVVG IGLMLIQQFS GSAAVISYAS TIFRKAGFSV 301: AIGTTMLGIF VIPKAMIGLI LVDKWGRRPL LMTSAFGMSM TCMLLGVAFT LQKMQLLSEL TPILSFICVM MYIATYAIGL GGLPWVIMSE IFPINIKVTA 401: GSIVTLVSFS SSSIVTYAFN FLFEWSTQGT FFIFAGIGGA ALLFIWLLVP ETKGLSLEEI QVSLIHQPDE RNQT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)