AT5G26240.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : chloride channel D | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of Anion channel protein family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
chloride channel D (CLC-D); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Chloride channel, core (InterPro:IPR014743), Chloride channel, voltage gated (InterPro:IPR001807), Chloride channel ClC-plant (InterPro:IPR002251), Cystathionine beta-synthase, core (InterPro:IPR000644); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: chloride channel C (TAIR:AT5G49890.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:9189622..9194347 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 87067.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.93 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 792 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLSNHLQNGI ESDNLLWSRV PESDDTSTDD ITLLNSHRDG DGGVNSLDYE VIENYAYREE QAHRGKLYVG YYVAVKWFFS LLIGIGTGLA AVFINLSVEN 101: FAGWKFALTF AIIQKSYFAG FIVYLLINLV LVFSSAYIIT QFAPAAAGSG IPEIKGYLNG IDIPGTLLFR TLIGKIFGSI GSVGGGLALG KEGPLVHTGA 201: CIASLLGQGG STKYHLNSRW PQLFKSDRDR RDLVTCGCAA GVAAAFRAPV GGVLFALEEV TSWWRSQLMW RVFFTSAIVA VVVRTAMGWC KSGICGHFGG 301: GGFIIWDVSD GQDDYYFKEL LPMAVIGVIG GLLGALFNQL TLYMTSWRRN SLHKKGNRVK IIEACIISCI TSAISFGLPL LRKCSPCPES VPDSGIECPR 401: PPGMYGNYVN FFCKTDNEYN DLATIFFNTQ DDAIRNLFSA KTMREFSAQS LLTFLAMFYT LAVVTFGTAV PAGQFVPGIM IGSTYGRLVG MFVVRFYKKL 501: NIEEGTYALL GAASFLGGSM RMTVSLCVIM VEITNNLKLL PLIMLVLLIS KAVGDAFNEG LYEVQARLKG IPLLESRPKY HMRQMIAKEA CQSQKVISLP 601: RVIRVADVAS ILGSNKHNGF PVIDHTRSGE TLVIGLVLRS HLLVLLQSKV DFQHSPLPCD PSARNIRHSF SEFAKPVSSK GLCIEDIHLT SDDLEMYIDL 701: APFLNPSPYV VPEDMSLTKV YNLFRQLGLR HLFVVPRPSR VIGLITRKDL LIEENGESSA VELQQSTSVR GRYSETATRM DAARPLLDDL LG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)