AT5G25560.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : CHY-type/CTCHY-type/RING-type Zinc finger protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
CHY-type/CTCHY-type/RING-type Zinc finger protein; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, CTCHY-type (InterPro:IPR017921), Zinc finger, CHY-type (InterPro:IPR008913), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: CHY-type/CTCHY-type/RING-type Zinc finger protein (TAIR:AT5G22920.1); Has 35333 Blast hits to 34131 proteins in 2444 species: Archae - 798; Bacteria - 22429; Metazoa - 974; Fungi - 991; Plants - 531; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9610 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:8899486..8901391 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 35512.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.07 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.55 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 308 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGDVYFNHFA QQLQMSDQEK GEMSRHSHPH SINEESESST LERVAAESLT NKVLDRGLME YGCPHYRRRC CIRAPCCNEI FGCHHCHYEA KNNINVDQKQ 101: RHDIPRHQVE QVICLLCGTE QEVGQICIHC GVCMGKYFCK VCKLYDDDTS KKQYHCDGCG ICRIGGRENF FHCYKCGCCY SILLKNGHPC VEGAMHHDCP 201: ICFEFLFESR NDVTVLPCGH TIHQKCLEEM RDHYQYACPL CSKSVCDMSK VWEKFDMEIA ATPMPEPYQN RMVQILCNDC GKKAEVQYHV VAQKCPNCKS 301: YNTRQTRG |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)