AT5G25060.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : RNA recognition motif (RRM)-containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RNA recognition motif (RRM)-containing protein; FUNCTIONS IN: RNA binding, nucleotide binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: RNA processing; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA polymerase II, large subunit, CTD (InterPro:IPR006569), mRNA splicing factor, Cwf21 (InterPro:IPR013170), ENTH/VHS (InterPro:IPR008942), SWAP/Surp (InterPro:IPR000061), DNA-binding SAP (InterPro:IPR003034), RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNA recognition motif (RRM)-containing protein (TAIR:AT5G10800.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:8634219..8639984 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 108292.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 946 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSFSITRKK TPFQKHREEE EARKKKAEDE TARLYQEFVE SFQGDNATTK TFVRGGTINP GDKPKVDSEG EKSKDGGSVS KKGSRYVPSF LPPPLASKGK 101: EPEKKREEER PREREKGKTR NIDNFMEELK REQEMRERRN QDRDRQGDSS PSSRFDELPD DFDPSGRPGS FDDGDPQTTN LYVGNLSPKV DENFLLRTFG 201: RFGPIASVKI MWPRTDEEKR RQRNCGFVSF MNRADGQAAK DEMQGIIVYE YELKIGWGKA VSLPSQALPA PPPGHMAIRS KEGCNLVFSG QTGPPIITSV 301: PNQNSELVLT PNVPDITVVT PEDEHLRHVI DTLALYVLDG ECAFEQAIME RGRGNPLFKF MFELGSKEHT YYVWRLYSFA QGDTLQRWRT EPYIMITGSG 401: RWIPPPLPVT RTQEHEKESA STYAAGRTRR AEVERTLTDP QRDEFEDMLR ALTLERSQIK EAMGFALDNA DAAGEVVEVL TESLTLKETS IPTKVARLML 501: VSDILHNSSA RVKNASAYRT KFEATLPDIM ESFNDLYRSI TGRITAEALK ERVLKVLQVW ADWFLFSDAY IYGLRSTFLR SGVSGVTSFH SICGDAPEIE 601: NKSYADNMSD IGKINPDAAL AIGKGAARQE LMNLPIAELE RRCRHNGLSL VGGRVMMVTR LLSLEDTEKQ RGYEAVDEIP KHPQNHSTWE EVKSEREHIK 701: NSYAEVEMKE PVNLPTTIPI PQPELKAFVG KEKNELILPA SKWARDDDEA DDEQKRSSSS GSDNTGGITF KADGEDLKGN DCVRAQPDNG MDEEQRQKRR 801: RIEVALIEYR ETLEEQGMKN PEEIERKVEI NRKRLEVDYG LSGPNEGNRN QKSIIERKEK REDSQESSKK RHRGENKSQS PPRKSSTRER DHDLGRDRDR 901: ERHRDRDRQH DLNRDRDRRE KSSSHDRDDN DRSKERDRDW RRRGTR |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)