AT5G24090.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : chitinase A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Chitinase A (class III) expressed exclusively under environmental stress conditions. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
chitinase A (CHIA); FUNCTIONS IN: cation binding, hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds, catalytic activity; INVOLVED IN: response to salt stress, response to cold, cellular response to water deprivation, response to wounding, response to light intensity; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glycoside hydrolase, chitinase active site (InterPro:IPR001579), Glycoside hydrolase, family 18, catalytic domain (InterPro:IPR001223), Glycoside hydrolase, catalytic core (InterPro:IPR017853), Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core (InterPro:IPR013781); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:8143805..8145153 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 33098.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 302 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTNMTLRKHV IYFLFFISCS LSKPSDASRG GIAIYWGQNG NEGNLSATCA TGRYAYVNVA FLVKFGNGQT PELNLAGHCN PAANTCTHFG SQVKDCQSRG 101: IKVMLSLGGG IGNYSIGSRE DAKVIADYLW NNFLGGKSSS RPLGDAVLDG IDFNIELGSP QHWDDLARTL SKFSHRGRKI YLTGAPQCPF PDRLMGSALN 201: TKRFDYVWIQ FYNNPPCSYS SGNTQNLFDS WNKWTTSIAA QKFFLGLPAA PEAAGSGYIP PDVLTSQILP TLKKSRKYGG VMLWSKFWDD KNGYSSSILA 301: SV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)