AT5G23670.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 ASURE: endoplasmic reticulum What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : long chain base2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes the LCB2 subunit of serine palmitoyltransferase, an enzyme involved in sphingosine biosynthesis. The protein is localized to the endoplasmic reticulum. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
long chain base2 (LCB2); FUNCTIONS IN: protein binding, serine C-palmitoyltransferase activity; INVOLVED IN: photomorphogenesis, sphingosine biosynthetic process, sphingolipid biosynthetic process, pollen development; LOCATED IN: endoplasmic reticulum, vacuole, membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Aminotransferase, class I/classII (InterPro:IPR004839), Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain (InterPro:IPR015424), Aminotransferase, class-II, pyridoxal-phosphate binding site (InterPro:IPR001917), Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1 (InterPro:IPR015421); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: serine palmitoyltransferase 1 (TAIR:AT3G48780.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:7981889..7985037 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 54292.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.85 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 489 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MITIPYLTAV STYFSYGLLF AFGQLRDFFR RFIDWWFTSN LQGYAPICLG HEDFYIRRLY HRIQDCFERP ISSAPDAWFD VVERYSNDNN KTLKRTTKTS 101: RCLNLGSYNY LGFGSFDEYC TPRVIESLKK FSASTCSSRV DAGTTSVHAE LEECVTRFVG KPAAVVFGMG YATNSAIIPV LIGKGGLIIS DSLNHSSIVN 201: GARGSGATIR VFQHNTPSHL ERVLREQIAE GQPRTHRPWK KIIVVVEGIY SMEGEICHLP EVVAICKKYK AYVYLDEAHS IGAIGKTGKG ICELLGVDTA 301: DVDVMMGTFT KSFGSCGGYI AGSKELIQYL KHQCPAHLYA TSIPTPSAQQ IISAIKVILG EDGSNRGAQK LARIRENSNF FRAELQKMGF EVLGDNDSPV 401: MPIMLYNPAK IPAFSRECLR QKVAVVVVGF PATPLLLARA RICISASHSR EDLIRALKVI SKVGDLSGIK YFPAEPKKIE QSKNDIKLD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)