AT5G22440.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Ribosomal protein L1p/L10e family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Ribosomal protein L1p/L10e family; FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome, RNA binding; INVOLVED IN: translation, RNA processing; LOCATED IN: cytosolic ribosome, ribosome, cytosolic large ribosomal subunit, nucleolus; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein L1 (InterPro:IPR002143), Ribosomal protein L1, 2-layer alpha/beta-sandwich (InterPro:IPR016094); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ribosomal protein L1p/L10e family (TAIR:AT1G08360.1); Has 4875 Blast hits to 4874 proteins in 1649 species: Archae - 280; Bacteria - 2611; Metazoa - 459; Fungi - 187; Plants - 522; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 816 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:7435328..7436486 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 24533.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.57 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 217 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSKLQSEAVR EAISSIITHC KETKPRNFTE TIELQIGLKN YDPQKDKRFS GSVKLPHVPR PKMKICMLGD AQHVEEAEKI GLESMDVEAL KKLNKNKKLV 101: KKLAKKFHAF LASESVIKQI PRLLGPGLNK AGKFPTLVSH QESLESKVNE TKATVKFQLK KVLCMGVAVG NLSMEEKQIF QNVQMSVNFL VSLLKKNWQN 201: VRCLYLKSTM GPPNRVF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)