AT5G22410.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : root hair specific 18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
root hair specific 18 (RHS18); FUNCTIONS IN: peroxidase activity, heme binding; INVOLVED IN: oxidation reduction, response to oxidative stress; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: root hair, root, synergid; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Haem peroxidase (InterPro:IPR010255), Plant peroxidase (InterPro:IPR000823), Peroxidases heam-ligand binding site (InterPro:IPR019793), Peroxidase, active site (InterPro:IPR019794), Haem peroxidase, plant/fungal/bacterial (InterPro:IPR002016); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Peroxidase superfamily protein (TAIR:AT5G17820.1); Has 3762 Blast hits to 3747 proteins in 161 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 1; Fungi - 14; Plants - 3739; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 8 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:7426347..7427722 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 36018.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.03 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 331 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAVKISTIEV LILSLALLSF GHGCYGQLRL GFYSQNCQNV ENIVSKVVGE AFIKDSSIAP AMIRLYFHDC FSNGCDASLL LDGSNSEKKA SPNLSVRGYE 101: VIDDIKSAVE KECDRVVSCA DIIALATRDL VTLASGGKTR YEIPTGRLDG KISSALLVDL PSPKMTVAET AAKFDQRKLS LNDMVLLLGG HTIGVTHCSF 201: IMDRLYNFQN TQKPDPSMDP KLVEELSAKC PKSSSTDGII SLDQNATSSN TMDVSFYKEI KVSRGVLHID QKLAIDDLTS KMVTDIANGN DFLVRFGQAM 301: VNLGSVRVIS KPKDGEIRRS CRSTCNNPLC V |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)