AT5G19180.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:peroxisome 1.000 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : E1 C-terminal related 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a subunit of a RUB-activating enzyme analogous to the E1 ubiquitin-activating enzyme. ECR1 functions as a heterodimer with AXR1 to activate RUB, a ubiquitin-related protein. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
E1 C-terminal related 1 (ECR1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ubiquitin-activating enzyme repeat (InterPro:IPR000127), Ubiquitin-activating enzyme, E1, active site (InterPro:IPR018074), Ubiquitin-activating enzyme (InterPro:IPR019572), UBA/THIF-type NAD/FAD binding fold (InterPro:IPR000594), Molybdenum cofactor biosynthesis, MoeB (InterPro:IPR009036), NAD(P)-binding domain (InterPro:IPR016040), E2 binding (InterPro:IPR014929); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SUMO-activating enzyme 2 (TAIR:AT2G21470.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:6453375..6455750 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 50544.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 454 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MADLDVPPQV PQSKTRDLDK LLLRHGNLVD PGFVPGPGLR DDIRDYVRIL VIGAGGLGCE LLKDLALSGF RNLEVIDMDR IEVTNLNRQF LFRIEDVGKP 101: KAEVAAKRVM ERVSGVEIVP HFSRIEDKEI EFYNDFNIIA LGLDSIEARK YINGVACGFL EYNEDDTPKR ETIKPMVDGG TEGFKGHARV ILPGVTPCFE 201: CTIYLFPPQV KFPLCTLAET PRNAAHCIEY AHLIQWETVH RGKTFDPDEP EHMKWVYDEA IRRAELFGIP GVTYSLTQGV VKNIIPAIAS TNAIISAACA 301: LETLKIVSAC SKTLVNYLTY NGGEGLYTEV TKFERDTECL VCGPGILIEL DTSVTLSKFI EMLEDHPKLL LSKASVKQGE NTLYMQAPPV LEEFHRPKLS 401: KPLYDLMGRV QKDTIHVFGQ RALKNNEKES CTTKVRVVFK GADGVADMDT AIGA |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)