AT5G18650.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : CHY-type/CTCHY-type/RING-type Zinc finger protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
CHY-type/CTCHY-type/RING-type Zinc finger protein; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, CTCHY-type (InterPro:IPR017921), Zinc finger, CHY-type (InterPro:IPR008913), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: zinc finger (C3HC4-type RING finger) family protein (TAIR:AT3G62970.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:6218260..6220374 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 30984.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.55 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 267 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEASPNDRLH FGKMGFGCKH YKRRCQIRAP CCNEVFDCRH CHNESTSTLR NIYDRHDLVR QDVKQVICSV CDTEQPAAQV CSNCGVNMGE YFCSICIFYD 101: DDTEKQQFHC DDCGICRVGG RENFFHCKKC GSCYAVGLRN NHRCVENSMR HHCPICYEYL FDSLKDTNVM KCGHTMHVEC YNEMIKRDKF CCPICSRSVI 201: DMSKTWQRLD EEIEATAMPS DYRDKKVWIL CNDCNDTTEV HFHIIGQKCG HCRSYNTRAI APPVLPQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)