AT5G18570.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : GTP1/OBG family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes AtObgC, a plant ortholog of bacterial Obg. AtObgC is a chloroplast-targeting GTPase essential for early embryogenesis. Mutations in this locus result in embryo lethality. The protein is dually localized in the stroma and the inner envelope membrane and is involved in thylakoid membrane biogenesis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
EMBRYO DEFECTIVE 269 (EMB269); FUNCTIONS IN: GTPase activity; INVOLVED IN: response to light stimulus, thylakoid membrane organization, embryo development, embryo development ending in seed dormancy; LOCATED IN: chloroplast, chloroplast stroma, chloroplast inner membrane; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: GTP1/OBG subdomain (InterPro:IPR006169), GTP-binding protein GTP1/OBG, C-terminal (InterPro:IPR015349), GTP1/OBG (InterPro:IPR006073), GTP1/OBG, conserved site (InterPro:IPR006074), GTP-binding protein, HSR1-related (InterPro:IPR002917), GTP-binding protein Obg/CgtA (InterPro:IPR014100); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: GTP-binding protein Obg/CgtA (TAIR:AT1G07615.1); Has 23458 Blast hits to 23162 proteins in 3000 species: Archae - 644; Bacteria - 14053; Metazoa - 1121; Fungi - 826; Plants - 464; Viruses - 52; Other Eukaryotes - 6298 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:6171839..6174823 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 75651.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.81 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.58 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 681 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASISINCFF TPQALARPSR TRKIFAKPDK VSGRTRSPRK TKLQREVELK SRGGDKLQPV SDAGGEATTY TRLPPREDYY DVSLLSSSYL KVSEEVKLSE 101: SNVARVEEKI ETLREIEEEE KEKEVKSYDD DDIWGNYRRL DVFEGSSRSI DEDDEDWEDE VFEYGDETDA EKDDSEGSEL KDGEVLCFSG EEEEDEIGVK 201: EKGVPAVMRC FDRAKIYVRA GDGGNGVVAF RREKFVPFGG PSGGDGGRGG NVYVEVDGSM NSLLPFRKSV HFRAGRGEHG RGKMQSGAKG DNVVVKVAPG 301: TVVRQAREVG SEVEGEEGEE KEVLLELLHP GQRALLLPGG RGGRGNASFK SGMNKVPRIA ENGEEGPEMW LDLELKLVAD VGIVGAPNAG KSTLLSVISA 401: AQPTIANYPF TTLLPNLGVV SFDYDSTMVV ADLPGLLEGA HRGFGLGHEF LRHTERCSAL VHVVDGSAPQ PELEFEAVRL ELELFSPEIA EKPYVVAYNK 501: MDLPDAYEKW PMFQETLRAR GIEPFCMSAV QREGTHEVIS SVYELLKKYR AANAEPKALF DQANENLDHV AKKIDKERRA AINEFEVFRD SGTRAWHVVG 601: AGLQRFVQMT NWRYMDSDKR FQHVLDACGV NKSLKNMGVK EGDTVIVGEM ELIWHDSANG SSRPTDSNKT STDSVRWPQW K |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)