AT5G18180.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.891 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 protein; FUNCTIONS IN: snoRNA binding, pseudouridine synthase activity, RNA binding; LOCATED IN: chloroplast thylakoid membrane, membrane; EXPRESSED IN: 14 plant structures; EXPRESSED DURING: LP.06 six leaves visible, 4 anthesis, F mature embryo stage, petal differentiation and expansion stage, E expanded cotyledon stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1, eukaryote (InterPro:IPR021154), H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 (InterPro:IPR007504); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 protein (TAIR:AT3G03920.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:6008561..6009605 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 20314.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 12.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.86 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 189 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRPPRGGGSF RGRGGRDNGG RGRGRGRGRG RFGGGNYDEG PPSEVVEVAT FLHACEGDAV FKLSNVKIPH FNAPIYLQNK TQIGRVDEIF GPINESLFSI 101: KMREGIVATS YSQGDKFFIS PEKLLPLSRF LPQPKGQSGG RGEGRVPPRG RGPPRGRGNF RGRGAPRGAS RGFQPRGGPR GGFRGRGRA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)