AT5G18100.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:peroxisome 1.000 ASURE: peroxisome What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : copper/zinc superoxide dismutase 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
A putative peroxisomal CuZnSOD inducible by a high-light pulse. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
copper/zinc superoxide dismutase 3 (CSD3); FUNCTIONS IN: superoxide dismutase activity; INVOLVED IN: response to oxidative stress, oxygen and reactive oxygen species metabolic process, removal of superoxide radicals; LOCATED IN: peroxisome, vacuole; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site (InterPro:IPR018152), Superoxide dismutase, copper/zinc binding (InterPro:IPR001424); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: copper/zinc superoxide dismutase 1 (TAIR:AT1G08830.2); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:5987221..5988706 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 16942.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 164 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEAPRGNLRA VALIAGDNNV RGCLQFVQDI SGTTHVTGKI SGLSPGFHGF HIHSFGDTTN GCISTGPHFN PLNRVHGPPN EEERHAGDLG NILAGSNGVA 101: EILIKDKHIP LSGQYSILGR AVVVHADPDD LGKGGHKLSK STGNAGSRVG CGIIGLQSSA DAKL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)