AT5G17990.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : tryptophan biosynthesis 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes the tryptophan biosynthetic enzyme phosphoribosylanthranilate transferase (PAT1, called trpD in bacteria). Converts anthranilate and phosphoribosylpyrophosphate into phosphoribosylanthranilate and inorganic pyrophosphate. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
tryptophan biosynthesis 1 (TRP1); FUNCTIONS IN: anthranilate phosphoribosyltransferase activity; INVOLVED IN: tryptophan biosynthetic process; LOCATED IN: chloroplast stroma, chloroplast, chloroplast envelope; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glycosyl transferase, family 3, N-terminal (InterPro:IPR017459), Anthranilate phosphoribosyl transferase (InterPro:IPR005940), Glycosyl transferase, family 3 (InterPro:IPR000312); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:5957330..5959681 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 46523.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 444 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVIAVATTSS IVSGIKLSGI LTSFNAVDDA SSSCGRSNLT GVRIFPTLSR RRFSSIGAVS PIRGDAQSSF SRSSFACSQN LGLSGGFSAA EALPPACANA 101: SPSSIKSFNQ LIETLIDRVD LSETEAESSL EFLLNEANEA LISAFLVLLR AKGETYEEIV GLARAMMKHA RKVEGLVDAV DIVGTGGDGA NTVNISTGSS 201: ILAAACGAKV AKQGNRSSSS ACGSADVLEA LGVVLDLGPE GIKRCVEEGG IGFMMSPMYH PAMKIVGPVR KKLKIKTVFN ILGPMLNPAR VSYAVVGVYH 301: KDLVVKMAKA LQRFGMKRAL VVHSCGLDEM SPLGGGLVYD VTPEKIEEFS FDPLDFGIPR CTLEDLRGGG PDYNADVLRR VLSGESGAIA DSLILNAAAA 401: LLVSNRVQTL AEGVTVAREV QSSGKAIKTL DSWINISNLA QKSQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)