AT5G17490.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RGA-like protein 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
DELLA subfamily member involved in GA signal transduction | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RGA-like protein 3 (RGL3); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transcriptional factor DELLA, N-terminal (InterPro:IPR021914), Transcription factor GRAS (InterPro:IPR005202); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RGA-like 2 (TAIR:AT3G03450.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:5764316..5765887 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 57329.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.49 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 523 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKRSHQETSV EEEAPSMVEK LENGCGGGGD DNMDEFLAVL GYKVRSSDMA DVAQKLEQLE MVLSNDIASS SNAFNDTVHY NPSDLSGWAQ SMLSDLNYYP 101: DLDPNRICDL RPITDDDECC SSNSNSNKRI RLGPWCDSVT SESTRSVVLI EETGVRLVQA LVACAEAVQL ENLSLADALV KRVGLLAASQ AGAMGKVATY 201: FAEALARRIY RIHPSAAAID PSFEEILQMN FYDSCPYLKF AHFTANQAIL EAVTTSRVVH VIDLGLNQGM QWPALMQALA LRPGGPPSFR LTGVGNPSNR 301: EGIQELGWKL AQLAQAIGVE FKFNGLTTER LSDLEPDMFE TRTESETLVV NSVFELHPVL SQPGSIEKLL ATVKAVKPGL VTVVEQEANH NGDVFLDRFN 401: EALHYYSSLF DSLEDGVVIP SQDRVMSEVY LGRQILNLVA TEGSDRIERH ETLAQWRKRM GSAGFDPVNL GSDAFKQASL LLALSGGGDG YRVEENDGSL 501: MLAWQTKPLI AASAWKLAAE LRR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)