AT5G17230.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : PHYTOENE SYNTHASE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes phytoene synthase. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
PHYTOENE SYNTHASE (PSY); FUNCTIONS IN: phytoene synthase activity, geranylgeranyl-diphosphate geranylgeranyltransferase activity; INVOLVED IN: carotenoid biosynthetic process; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Squalene/phytoene synthase, conserved site (InterPro:IPR019845), Terpenoid synthase (InterPro:IPR008949), Squalene/phytoene synthase (InterPro:IPR002060); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:5659839..5662087 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 47489.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.48 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 422 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSSVAVLWV ATSSLNPDPM NNCGLVRVLE SSRLFSPCQN QRLNKGKKKQ IPTWSSSFVR NRSRRIGVVS SSLVASPSGE IALSSEEKVY NVVLKQAALV 101: NKQLRSSSYD LDVKKPQDVV LPGSLSLLGE AYDRCGEVCA EYAKTFYLGT LLMTPERRKA IWAIYVWCRR TDELVDGPNA SHITPMALDR WEARLEDLFR 201: GRPFDMLDAA LADTVARYPV DIQPFRDMIE GMRMDLKKSR YQNFDDLYLY CYYVAGTVGL MSVPVMGIDP KSKATTESVY NAALALGIAN QLTNILRDVG 301: EDARRGRVYL PQDELAQAGL SDEDIFAGKV TDKWRNFMKM QLKRARMFFD EAEKGVTELS AASRWPVWAS LLLYRRILDE IEANDYNNFT KRAYVGKVKK 401: IAALPLAYAK SVLKTSSSRL SI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)