AT5G16290.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : VALINE-TOLERANT 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
VALINE-TOLERANT 1 (VAT1); FUNCTIONS IN: acetolactate synthase activity, amino acid binding; INVOLVED IN: branched chain family amino acid biosynthetic process; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Acetolactate synthase, small subunit (InterPro:IPR004789), Amino acid-binding ACT (InterPro:IPR002912), Acetolactate synthase, small subunit, C-terminal (InterPro:IPR019455); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ACT domain-containing small subunit of acetolactate synthase protein (TAIR:AT2G31810.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:5333874..5337387 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 52333.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 477 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAATTTATSL FSSRLHFQNQ NQGYGFPAKT PNSLQVNQII DGRKMRNATV LSAASTDKAI TTAQSVAPTA CDRVRRHTIS VFVGDESGII NRIAGVFARR 101: GYNIESLAVG LNEDKALFTI VVLGTDKVLQ QVVEQLNKLV NVIKVEDLSK EPHVERELML IKLNADPSTR SEIMWLVDIF RAKIVDTSEQ SLTIEVTGDP 201: GKMVALTTNL EKFGIKEIAR TGKIALRREK MGETAPFWRF SAASYPHLVK ESSHETVAEK TKLALTGNGN ASSGGDVYPV EPYNDFKPVL DAHWGMVYDE 301: DSSGLRSHTL SLLVANVPGV LNLITGAISR RGYNIQSLAV GPAEKEGLSR ITTVIPGTDE NIDKLVRQLQ KLIDLQEIQN ITHMPFAERE LMLIKVAADT 401: SARRDVLDIA QVFRAKAIDV SDHTITLEVT GDLRKMSALQ TQLEAYGICE VARTGRVALV RESGVDSTYL RGYSLPL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)