AT5G15550.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein; FUNCTIONS IN: nucleotide binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: nucleolus, CUL4 RING ubiquitin ligase complex, heterotrimeric G-protein complex; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: WD40 repeat 2 (InterPro:IPR019782), WD40 repeat, conserved site (InterPro:IPR019775), NLE (InterPro:IPR012972), WD40 repeat (InterPro:IPR001680), G-protein beta WD-40 repeat, region (InterPro:IPR020472), WD40 repeat-like-containing domain (InterPro:IPR011046), WD40-repeat-containing domain (InterPro:IPR017986), WD40/YVTN repeat-like-containing domain (InterPro:IPR015943), WD40 repeat, subgroup (InterPro:IPR019781); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: WD-40 repeat family protein / notchless protein, putative (TAIR:AT5G52820.1); Has 33870 Blast hits to 20003 proteins in 673 species: Archae - 44; Bacteria - 4918; Metazoa - 12445; Fungi - 8096; Plants - 4252; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 4115 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:5059051..5062003 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 47340.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.61 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 433 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDIDGEDVSR RLHVKFVTKL DSPFKVPVNS VAIPSNVTRL GLSSIVNSII ESENPEWKTE PFDFLIDGEL IRMSLEEFLL AKGISAERTL EIEYIRAVTP 101: RKEEEPSLHD DWVSAVNGSS PRFILTGCYD GLGRVWSSAG SCSHILEGHS GAISSVALVN SNDAETVTVA TASKDRTLRL FKFDPAESVD STTKVRAYKI 201: LRGHKASVQS VSAQKSGNMV CSSSWDCTIN LWNTNESTSE GESVSVKKRK GNNQAEESQS EGEAVTSLVG HTQCVSSVVW PEHDVIYSSS WDHSVRRWDV 301: ETGKDSLNLF CGKALNTVDV GGESSALIAA GGSDPILRVW DPRKPGTSAP VFQFSSHSSW ISACKWHKSS WFHLLSASYD GKIMLWDLRT AWPLSVIDTH 401: NDKVLSADWW KGESVVSGGA DSNLRISSGI AIS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)