AT5G15530.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : biotin carboxyl carrier protein 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
biotin carboxyl carrier protein isoform 2 (BCCP2) mRNA, | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
biotin carboxyl carrier protein 2 (BCCP2); FUNCTIONS IN: biotin binding; INVOLVED IN: fatty acid biosynthetic process; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Biotin-binding site (InterPro:IPR001882), Single hybrid motif (InterPro:IPR011053), Acetyl-CoA biotin carboxyl carrier (InterPro:IPR001249), Biotin/lipoyl attachment (InterPro:IPR000089); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: chloroplastic acetylcoenzyme A carboxylase 1 (TAIR:AT5G16390.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:5038955..5040437 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 27281.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.95 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 255 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASLSVPCVK ICALNRRVGS LPGISTQRWQ PQPNGISFPS DVSQNHSAFW RLRATTNEVV SNSTPMTNGG YMNGKAKTNV PEPAELSEFM AKVSGLLKLV 101: DSKDIVELEL KQLDCEIVIR KKEALQQAVP PAPVYHSMPP VMADFSMPPA QPVALPPSPT PTSTPATAKP TSAPSSSHPP LKSPMAGTFY RSPGPGEPPF 201: VKVGDKVQKG QIVCIIEAMK LMNEIEAEKS GTIMELLAED GKPVSVDTPL FVIAP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)