AT5G14960.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : DP-E2F-like 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
DP-E2F-like 2 (DEL2); FUNCTIONS IN: DNA binding, sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: regulation of transcription, DNA-dependent; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 13 plant structures; EXPRESSED DURING: 7 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (InterPro:IPR011991), Transcription factor E2F/dimerisation partner (TDP) (InterPro:IPR003316), E2F Family (InterPro:IPR015633); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DP-E2F-like protein 3 (TAIR:AT3G01330.1); Has 936 Blast hits to 860 proteins in 115 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 583; Fungi - 5; Plants - 220; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 128 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:4843966..4846373 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 40555.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.58 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 359 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDSLALAPQV YSRKDKSLGV LVANFLTLYN RPDVDLFGLD DAAAKLGVER RRIYDVVNIL ESIGLVARSG KNQYSWKGFG AVPRALSELK EEGMKEKFAI 101: VPFVAKSEMV VYEKEGEESF MLSPDDQEFS PSPRPDNRKE RTLWLLAQNF VKLFLCSDDD LVTFDSATKA LLNESQDMNM RKKVRRLYDI ANVFSSMKLI 201: EKTHVPETKK PAYRWLGSKT IFENRFIDGS ASLCDRNVPK KRAFGTELTN VNAKRNKSGC SKEDSKRNGN QNTSIVIKQE QCDDVKPDVK NFASGSSTPA 301: GTSESNDMGN NIRPRGRLGV IEALSTLYQP SYCNPELLGL FAHYNETFRS YQEEFGREK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)