AT5G14950.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 1.000 ASURE: golgi What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : golgi alpha-mannosidase II | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a golgi alpha-mannosidase, an enzyme responsible for the formation of major complex-type N-glycans. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
golgi alpha-mannosidase II (GMII); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glycoside hydrolase-type carbohydrate-binding (InterPro:IPR011013), Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel (InterPro:IPR011330), Glycoside hydrolase, family 38, central domain (InterPro:IPR015341), Glycoside hydrolase, family 38, core (InterPro:IPR000602), Glycosyl hydrolases 38, C-terminal (InterPro:IPR011682); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Glycosyl hydrolase family 38 protein (TAIR:AT5G66150.1); Has 2033 Blast hits to 1987 proteins in 497 species: Archae - 20; Bacteria - 870; Metazoa - 708; Fungi - 131; Plants - 147; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 157 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:4837484..4841792 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 134733.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1173 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MPFSSYIGNS RRSSTGGGTG GWGQSLLPTA LSKSKLAINR KPRKRTLVVN FIFANFFVIA LTVSLLFFLL TLFHFGVPGP ISSRFLTSRS NRIVKPRKNI 0101: NRRPLNDSNS GAVVDITTKD LYDRIEFLDT DGGPWKQGWR VTYKDDEWEK EKLKIFVVPH SHNDPGWKLT VEEYYQRQSR HILDTIVETL SKDSRRKFIW 0201: EEMSYLERWW RDASPNKQEA LTKLVKDGQL EIVGGGWVMN DEANSHYFAI IEQIAEGNMW LNDTIGVIPK NSWAIDPFGY SSTMAYLLRR MGFENMLIQR 0301: THYELKKDLA QHKNLEYIWR QSWDAMETTD IFVHMMPFYS YDIPHTCGPE PAICCQFDFA RMRGFKYELC PWGKHPVETT LENVQERALK LLDQYRKKST 0401: LYRTNTLLIP LGDDFRYISI DEAEAQFRNY QMLFDHINSN PSLNAEAKFG TLEDYFRTVR EEADRVNYSR PGEVGSGQVV GFPSLSGDFF TYADRQQDYW 0501: SGYYVSRPFF KAVDRVLEHT LRGAEIMMSF LLGYCHRIQC EKFPTSFTYK LTAARRNLAL FQHHDGVTGT AKDYVVQDYG TRMHTSLQDL QIFMSKAIEV 0601: LLGIRHEKEK SDQSPSFFEA EQMRSKYDAR PVHKPIAARE GNSHTVILFN PSEQTREEVV TVVVNRAEIS VLDSNWTCVP SQISPEVQHD DTKLFTGRHR 0701: LYWKASIPAL GLRTYFIANG NVECEKATPS KLKYASEFDP FPCPPPYSCS KLDNDVTEIR NEHQTLVFDV KNGSLRKIVH RNGSETVVGE EIGMYSSPES 0801: GAYLFKPDGE AQPIVQPDGH VVTSEGLLVQ EVFSYPKTKW EKSPLSQKTR LYTGGNTLQD QVVEIEYHVE LLGNDFDDRE LIVRYKTDVD NKKVFYSDLN 0901: GFQMSRRETY DKIPLQGNYY PMPSLAFIQG SNGQRFSVHS RQSLGVASLK EGWLEIMLDR RLVRDDGRGL GQGVMDNRAM TVVFHLLAES NISQADPASN 1001: TNPRNPSLLS HLIGAHLNYP INTFIAKKPQ DISVRVPQYG SFAPLAKPLP CDLHIVNFKV PRPSKYSQQL EEDKPRFALI LNRRAWDSAY CHKGRQVNCT 1101: SMANEPVNFS DMFKDLAASK VKPTSLNLLQ EDMEILGYDD QELPRDSSQP REGRVSISPM EIRAYKLELR PHK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)