AT5G14580.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : polyribonucleotide nucleotidyltransferase, putative | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
polyribonucleotide nucleotidyltransferase, putative; FUNCTIONS IN: polyribonucleotide nucleotidyltransferase activity, 3'-5'-exoribonuclease activity, RNA binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: mRNA catabolic process, RNA processing; LOCATED IN: mitochondrion; EXPRESSED IN: 16 plant structures; EXPRESSED DURING: 7 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: K Homology, type 1, subgroup (InterPro:IPR018111), Nucleic acid-binding, OB-fold (InterPro:IPR012340), Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 (InterPro:IPR015847), Ribosomal protein S1, RNA-binding domain (InterPro:IPR003029), Polynucleotide phosphorylase, phosphorolytic RNA-binding, bacterial/organelle-type (InterPro:IPR015848), K Homology (InterPro:IPR004087), Nucleic acid-binding, OB-fold-like (InterPro:IPR016027), Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 (InterPro:IPR001247), Ribosomal protein S5 domain 2-type fold (InterPro:IPR020568), Polyribonucleotide nucleotidyltransferase (InterPro:IPR012162); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: polyribonucleotide nucleotidyltransferase, putative (TAIR:AT3G03710.1); Has 30004 Blast hits to 26962 proteins in 2901 species: Archae - 317; Bacteria - 19794; Metazoa - 489; Fungi - 141; Plants - 452; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 8811 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:4697612..4703013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 107778.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 991 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSIVNRASS ASLPNFLAWR ALGFRTICSG RLGFAPSVPD SPVSAGTKIL ESFKEEFEVG SRVVSFETGK IARFANGSVV LGMDETKVLS TVTCAKTDSP 101: RDFLPLTVDY QEKQYAQGLI PNTYMRREGA PKERELLCGR LIDRPIRPLF PTGFYHEVQI MASVLSSDGK QDPDILAANA SSAALMLSDV PWGGPIGVIR 201: IGRICGQFVV NPTMDELSSS DLNLIYACTR DKTMMIDVQS REISEKDLAA ALRLAHPEAV KYLDPQIRLA EKAGKQKKEY KLSMLSDKTL EKVADLAATR 301: IESVFTDPSY GKFERGEALD NIGKDVRKVF EEEGDQESLS ILPKAVDTVR KKVVRSRMIS DGFRVDGRHV DEVRPIYCES HYLPALHGSA LFSRGDTQVL 401: CTVTLGAPAE AQSLDSLVGP PKKRFMLHYS FPPYCTNEVG KRGGLNRREV GHGTLAEKAL LAVLPPEEAF PYTIRINSEV MSSDGSTSMA SVCGGSMALM 501: DAGIPLRAHV AGVSVGLITD VDPSSGEIKD YRIVTDILGL EDHLGDMDFK IAGTRDGVTA IQLDIKPAGI PLDIVCESLE NAREARLQIL DHMERNINSP 601: RGQDGAYSPR LATLKYSNDS LRTLIGPMGV LKRKIEVETG ARLSIDNGTL TIVAKNQDVM EKAQEQVDFI IGRELVVGGV YKGTVSSIKE YGAFVEFPGG 701: QQGLLHMSEL SHEPVSKVSD VLDIGQCITT MCIETDVRGN IKLSRKALLP KPKRKPASDA GKDPVMKESS TVYIENSSVG EIVASMPSIV TPLQKSRLSV 801: PAVVIRTAVE CNEAEKSSPV NDNDKPRRAA TSKPDRKPKS TASKLIATQK EEEALESIAP EETSAECGEI LKQDGKLKSV SPKNNSTASN LVSFSKAKKS 901: TMKENLSENK AEESASVSTR KLKIGTEMTA TVDHVRALGL VLDLGGEIRG MYIFQGDKDK FKKGDTLRVK CTSFNTKGVP VMALVDEEGE E |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)