AT5G13220.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : jasmonate-zim-domain protein 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Plants overexpressing At5g13220.3, but not At5g13220.1 showed enhanced insensitivity to MeJa. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
jasmonate-zim-domain protein 10 (JAZ10); FUNCTIONS IN: protein binding; INVOLVED IN: response to jasmonic acid stimulus, regulation of systemic acquired resistance, response to wounding; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 11 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Tify (InterPro:IPR010399), CCT domain-like (InterPro:IPR018467); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: jasmonate-zim-domain protein 12 (TAIR:AT5G20900.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:4219001..4220502 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 21814.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.55 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 197 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSKATIELDF LGLEKKQTNN APKPKFQKFL DRRRSFRDIQ GAISKIDPEI IKSLLASTGN NSDSSAKSRS VPSTPREDQP QIPISPVHAS LARSSTELVS 101: GTVPMTIFYN GSVSVFQVSR NKAGEIMKVA NEAASKKDES SMETDLSVIL PTTLRPKLFG QNLEGDLPIA RRKSLQRFLE KRKERLVSTS PYYPTSA |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)