AT5G12910.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Histone superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Histone superfamily protein; FUNCTIONS IN: DNA binding; INVOLVED IN: nucleosome assembly; LOCATED IN: nucleosome; EXPRESSED IN: shoot apex, root, inflorescence, flower, leaf; EXPRESSED DURING: seedling growth, LP.02 two leaves visible, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Histone H3 (InterPro:IPR000164), Histone-fold (InterPro:IPR009072), Histone core (InterPro:IPR007125); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Histone superfamily protein (TAIR:AT5G10400.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:4077162..4077557 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 14912.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 11.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 131 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MARSNQTARK ATGGKAPHFA MRVWQHSTPP LKKPYRYKPG TVALREIRKY QKTTDLVIRK LPFQRLVKEI AQSLKADLRF QTGAVSALQE AAEAFMVGMF 101: EDTNLCAMHA KRSTIMPKDI QLAKRLRGDR V |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)