AT5G09920.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RNA polymerase II, Rpb4, core protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Non-catalytic subunit specific to DNA-dependent RNA polymerase II; the ortholog of budding yeast RPB4) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
NRPB4; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: HRDC-like (InterPro:IPR010997), RNA polymerase II, Rpb4 (InterPro:IPR005574), RNA polymerase II, Rpb4, core (InterPro:IPR006590); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNA polymerase II, Rpb4, core protein (TAIR:AT4G15950.1); Has 441 Blast hits to 441 proteins in 181 species: Archae - 4; Bacteria - 0; Metazoa - 144; Fungi - 150; Plants - 95; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 48 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:3096276..3097370 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 15933.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.69 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 138 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSGEEEENAA ELKIGDEFLK AKCLMNCEVS LILEHKFEQL QQISEDPMNQ VSQVFEKSLQ YVKRFSRYKN PDAVRQVREI LSRHQLTEFE LCVLGNLCPE 101: TVEEAVAMVP SLKTKGRAHD DEAIEKMLND LSLVKRFE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)