AT5G09330.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : NAC domain containing protein 82 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
NAC domain containing protein 82 (NAC082); FUNCTIONS IN: sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: multicellular organismal development, regulation of transcription; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: No apical meristem (NAM) protein (InterPro:IPR003441); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: NAC domain containing protein 103 (TAIR:AT5G64060.1); Has 3286 Blast hits to 2997 proteins in 111 species: Archae - 0; Bacteria - 34; Metazoa - 211; Fungi - 2; Plants - 2912; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 127 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:2892623..2894708 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 54445.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.65 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 489 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGKTQLAPGF RFHPTDVELV RYYLKRKILG KKLLVDAIAE VDIYKFEPPD LPDMSFIRSG DLKWHFFCPR EKKYASGVRA NRATECGYWK TTGKERPVLC 101: NSEVVGKIKT LVYHFGKSPR GERTDWVMHE YRLDDKVLTQ MNVPQDTYVV CVLFKKDGPG PRNGAQYGAP FKEEDWSDEE VRTDVPSTSN PTNLLEPSKE 201: TTLALTAPDD SNKDCFGGMI SESCVSDFLP ATTNTTSELP HPSDAATTPM STAPLAETVQ TPNNDDLYSM LDLFDDDEEF LGFNNNEVRY DPGVSAPVCL 301: EEEGIFNGLP ELSSMPRTAS YDLVENSELY LELQDLTAPL NPQTGLQDLT APFNPQTGLQ DLTAPFNHQT GLQDHTAPFN PQTGLQDHTA PFNHQTGLQD 401: LTAPFNPQTG LQDLTAPFNP QTGLHDLTSP FNPQTGLQDL TAPLNPQTGN RNDPRSSSFL YNQGHFDFSG GNDDDPYGFS ASMRHRPKM |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)