AT5G08280.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : hydroxymethylbilane synthase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with porphobilinogen deaminase activity. This protein is targeted to the chloroplast. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
hydroxymethylbilane synthase (HEMC); FUNCTIONS IN: hydroxymethylbilane synthase activity; INVOLVED IN: chlorophyll biosynthetic process, defense response to bacterium, porphyrin biosynthetic process; LOCATED IN: apoplast, chloroplast, chloroplast stroma, chloroplast envelope; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Porphobilinogen deaminase, dipyrromethane cofactor binding site (InterPro:IPR022419), Tetrapyrrole biosynthesis, hydroxymethylbilane synthase (InterPro:IPR000860), Porphobilinogen deaminase, N-terminal (InterPro:IPR022417), Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain (InterPro:IPR022418); Has 7343 Blast hits to 7329 proteins in 2247 species: Archae - 198; Bacteria - 4150; Metazoa - 157; Fungi - 178; Plants - 78; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2582 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:2663763..2665596 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 41045.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.63 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 382 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDIASSSLSQ AHKVVLTRQP SSRVNTCSLG SVSAIGFSLP QISSPALGKC RRKQSSSGFV KACVAVEQKT RTAIIRIGTR GSPLALAQAY ETREKLKKKH 101: PELVEDGAIH IEIIKTTGDK ILSQPLADIG GKGLFTKEID EALINGHIDI AVHSMKDVPT YLPEKTILPC NLPREDVRDA FICLTAATLA ELPAGSVVGT 201: ASLRRKSQIL HKYPALHVEE NFRGNVQTRL SKLQGGKVQA TLLALAGLKR LSMTENVASI LSLDEMLPAV AQGAIGIACR TDDDKMATYL ASLNHEETRL 301: AISCERAFLE TLDGSCRTPI AGYASKDEEG NCIFRGLVAS PDGTKVLETS RKGPYVYEDM VKMGKDAGQE LLSRAGPGFF GN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)