AT5G08000.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : glucan endo-1,3-beta-glucosidase-like protein 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a member of the X8-GPI family of proteins. It localizes to the plasmodesmata and binds callose. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
glucan endo-1,3-beta-glucosidase-like protein 3 (E13L3); FUNCTIONS IN: callose binding, polysaccharide binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: plasmodesma, anchored to plasma membrane, anchored to membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: X8 (InterPro:IPR012946); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: plasmodesmata callose-binding protein 1 (TAIR:AT5G61130.1); Has 1582 Blast hits to 1532 proteins in 101 species: Archae - 0; Bacteria - 6; Metazoa - 10; Fungi - 147; Plants - 1404; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 15 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:2563684..2565282 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 19901.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 194 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAPLVLYLLT LLMAGHTSAS WCVCKTGLSD SVLQKTLDYA CGNGADCNPT HPKGSCFNPD NVRAHCNYAV NSFFQKKGQA SESCNFTGTA TLTTTDPSYT 101: GCAFPSSASG SSGSGSTTVT PGKNSPKGSN SITTFPGGNS PYSGTPSTGL LGGNITDATG TGLNPDYSTE SSGFALYYSN NLLLTGFCSL VMML |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)