AT5G07880.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.541 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : synaptosomal-associated protein SNAP25-like 29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of mammalian SNAP25 Gene Family, a type of SNARE proteins with two chains. There are three members in Arabidopsis: SNAP30, SNAP29, and SNAP33. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
synaptosomal-associated protein SNAP25-like 29 (SNAP29); FUNCTIONS IN: SNAP receptor activity; INVOLVED IN: vesicle-mediated transport, cellular membrane fusion; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: sperm cell; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Target SNARE coiled-coil domain (InterPro:IPR000727); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: soluble N-ethylmaleimide-sensitive factor adaptor protein 33 (TAIR:AT5G61210.1); Has 584 Blast hits to 584 proteins in 106 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 452; Fungi - 6; Plants - 94; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 30 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:2515587..2516694 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 28309.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.93 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 251 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAPKNSSWNP FDDEKEAAKS FSLNPFDDDD DDKEVEKRFT SSLKPSGGKE NQTVQELESY AVYNSEETTK TVQGCLKVAE EIRCDASKTL VMLNEQGDQI 101: TRTHQKTVDL DHHLSRGEKI LGRLGGVFSR TWKPKKSRSI TGPVITKGDS PKRKVIDLKT REKLGLNPSL KPKSKTLPEA VDAYQKTQIA KQDEALTDLS 201: ALLGELKNMA VDMGTAIERQ TNELDHLQDN ADELNYRVKQ SNQRARYLLR K |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)