AT5G07250.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.734 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RHOMBOID-like protein 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RHOMBOID-like protein 3 (RBL3); FUNCTIONS IN: serine-type endopeptidase activity; LOCATED IN: integral to membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase S54, rhomboid (InterPro:IPR002610); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RHOMBOID-like 2 (TAIR:AT1G63120.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:2274437..2275935 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38493.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 346 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAVGDDDLEN RMSAKDRGIG SRGGDRNRIG PPPLPVALSS STEFGDNALS SRWTSWLVPM FVVANVAVFV VAMFVNNCPN HFESHRLRGH CVAKFLGRLS 101: FEPLRTNPLF GPSSHTLEKL GALEWSKVVE KKEGWRLLTC IWLHAGVIHL GANMLSLVFI GIRLEQQFGF VRIGVIYLLS GIGGSVLSSL FIRNSISVGA 201: SGALFGLLGS MLSELFTNWT IYSNKIAALL TLLFVILINL AIGILPHVDN FAHVGGFVTG FLLGFILLAR PQFKWLAREH MPQGTPLRYK YKTYQYLLWL 301: LSLVLLIAGF VVALLMLFRG ENGNDHCRWC HYLRCVPTSS WRCDDV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)