AT5G06460.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.968 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ubiquitin activating enzyme 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a ubiquitin-activating enzyme (E1), involved in the first step in conjugating multiple ubiquitins to proteins targeted for degradation. Gene is expressed in most tissues examined. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ubiquitin activating enzyme 2 (UBA 2); FUNCTIONS IN: ubiquitin-protein ligase activity, ubiquitin activating enzyme activity; INVOLVED IN: protein ubiquitination, ubiquitin-dependent protein catabolic process; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ubiquitin-activating enzyme, E1, active site (InterPro:IPR018074), Ubiquitin-activating enzyme, E1 (InterPro:IPR018075), Ubiquitin-activating enzyme e1, C-terminal (InterPro:IPR018965), Ubiquitin-activating enzyme repeat (InterPro:IPR000127), Ubiquitin-activating enzyme (InterPro:IPR019572), UBA/THIF-type NAD/FAD binding fold (InterPro:IPR000594), Molybdenum cofactor biosynthesis, MoeB (InterPro:IPR009036), NAD(P)-binding domain (InterPro:IPR016040), Ubiquitin-activating enzyme, E1-like (InterPro:IPR000011); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ubiquitin-activating enzyme 1 (TAIR:AT2G30110.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:1970239..1974382 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 119630.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1077 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MEPFVVKENI IASASSPMKK RRIDHTESAD GSAINASNSS SIGLNNSIGG NDTVMSMAEF GNDNSNNQEI DEDLHSRQLA VYGRETMRKL FASNVLISGM 0101: QGLGVEIAKN IILAGVKSVT LHDENVVELW DLSSNFVFTE EDIGKNRALA SVHKLQELNN AVAVSTLTGK LTKEQLSDFQ VVVFVDISFE KATEIDDYCH 0201: SHQPPIAFIK ADVRGLFGSL FCDFGPHFTV LDVDGEEPHS GIIASVSNEN PGFVSCVDDE RLEFEDGNLV VFSEVEGMTE LNDGKPRKIK NVKPFSFTLE 0301: EDTSSYGQYM KGGIVTQVKQ PKVLNFKPLR EALKDPGDFL LSDFSKFDRP PLLHLAFQAL DRFSSQAGRF PFAGSEEDAQ KLVEIAVDIN EGLGDARLED 0401: VNSKLLRHLA FGSRAVLNPM AAMFGGIVGQ EVVKACSGKF HPIFQFFYFD SVESLPKEPL DASEFRPQNS RYDAQISVFG STLQKKLEDA RVFVVGAGAL 0501: GCEFLKNLAL MGVSCGTQGK LTVTDDDVIE KSNLSRQFLF RDWNIGQAKS TVAATAAAGI NSRLNIDALQ NRVGPETENV FDDSFWENLT VVVNALDNVT 0601: ARLYVDSRCV YFQKPLLESG TLGAKCNTQM VIPHLTENYG ASRDPPEKQA PMCTVHSFPH NIDHCLTWAR SEFEGLLEKT PAEVNAYLSD PVEYMKAMRT 0701: AGDAQARDTL GRVVECLEKE KCNSFQDCIT WARLRFEDYF ANRVKQLCYT FPEDAATSTG APFWSAPKRF PRPLQFSSTD LSHINFVMAA SILRAETFGI 0801: PTPEWAKTRA GLAEAVERVI VPDFEPKKDA TIVTDEKATT LSTASVDDAA VIDELNAKLV RCRMSLQPEF RMKAIQFEKD DDTNYHMDMI AGLANMRARN 0901: YSVPEVDKLK AKFIAGRIIP AIATSTAMAT GFVCLEMYKV LDGSHKVEDY RNTFANLALP LFSMAEPVPP KVVKHQDQSW TVWDRWVMRG NPTLRELLDW 1001: LKEKGLNAYS ISCGSSLLYN SMFSRHKERM NRRVVDLARD VAGVELPAYR RHVDVVVACE DDNDADVDIP LVSVYFA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)